现代解析
这副对联用大白话来理解，就是讲南通博物书院的两大核心功能：
上联"设为庠序学校以教"说的是办学宗旨——这里"庠序"是古代学校的称呼，意思是把这个地方建成教书育人的学校，重点在"教"字，强调这里是传授知识、培养人才的地方。
下联"多识草木鸟兽之名"讲的是教学特色——鼓励学生多认识自然界的动植物，重点在"识"字。这反映出书院不仅教书本知识，更重视实地观察自然，有点像现在的自然科普教育。
最妙的是对联把"教书"和"识物"结合起来：既要系统学习（上联），又要实践观察（下联）；既有人文教育，又有自然科学。短短两句话，就把传统书院"读万卷书，行万里路"的教育理念生动体现出来了。用现在的话说，就是提倡"理论+实践"的综合素质教育。
张謇
张謇（一八五三—一九二六），字季直，号啬庵，南通人。光绪状元，授翰林院修撰，入民国，任南京临时政府实业总长，袁世凯政府中任农商总长。后辞职归里，兴办实业、教育。有《张謇日记》。